FreeBSD Это та система, которой нужно уделять не мало внимания.
После установки FreeBSD вы поставили Windows, тем самым убили загрузчик фри, и само собой, загрузчик винды, не знает о том, что существует ещё какая-то система.
Вы можете переставить фрю (правильно поработав с MBR) и тогда при загрузке у вас будет выбор загрузки. F1 BSD, F2 Win, например.
Если не хотите переустановить фрю, тогда можете воспользоваться например Acronis OS Selector, и при загрузке будет появляться меню выбора загрузки ОС.

Для того чтоб запустить графическую оболочку, сначала нужно её установить и сконфигурировать. это можно сделать путем собиранием из портов, либо поставить из дистрибутива (выполнить sysinstall, и дальше по меню пройтись и установить соответсвующие пакеты. xorg ну и оболочку которую вы хотите использовать: kde,gnome,fluxbox, и так далее).

Ну и напоследок, чтоб не было больше таких вопросов... ниочем, читайте Handbook.
http://www.freebsd.org/doc/en_US.ISO8859-1/books/handbook/index.html
ну и чуть на русском
http://www.freebsd.org/ru/docs.html