Нууу смотря в каких целях...
JSON то применяется в большинстве для AJAX (в большинстве!). Делать к примеру какую-то API, которая возвращает данные в XML как-то скажем бессмысленно. В тоже время делать шаблоны с применением JSON тоже тупо.
Тут даже реализации разные. JSON как объект, массив, XML как скажем html-теги)
А если выбирать что больше нравится, то мне лично XML, прост, понятен, удобен, бла-бла и всё такое)

JSON и не зависит от JS. Он пошёл от JS, но работать с ним может почти любой язык