1) Окно cmd можно спрятать с помощью http://www.commandline.co.uk/cmdow/,команда
cmdow /run /hid mybat

2)change directory to current directory? -Это как сменить директорию на текущую,если мы и так в ней.

3)Если скрипты выполняются из корня,а открыть надо подпапку,то можно использовать

for /F %%i in ('cd') do explorer "%%~dpi1"
где 1 директория в корне.