Во-первых, для юникса имеет значение физическое расположение винта: канал/приоритетность, поскольку он адресуется к ним напрямую и в fstab пишется напрямую. Ставить нужно было при включении винтов в те каналы, которые потом планировал использовать. Да, и не забудь в БИОСе выставить поддержку загрузки с обоих винтов.