1) Раз один винт можно форматнуть, так и сделай, но другой выйми перед этим для пущей уверенности.

2) Нужный винт поставь в тот канал и приоритетность, в которой устанавливалась ось.

3) Чистый винт подключи в тот канал и приоритетность, в котором будет использоваться в дальнейшем.

Вот почитай:
http://www.debian.org/releases/stable/i386/apcs04.html.ru
http://mirror.yandex.ru/altlinux/2.4/Master/docs/ch03s02.html
http://www.linuxsoft.ru/info/lib/lib/iron/hddadd.htm