Для выполнения скрипта работы с ftp надо использовать ключ -s:имя_файла.
Формат файла будет:
ftp-имя пользователя
ftp-пароль


С помощью Process Monitor посмотри,что запускается и откуда консоль для выполнения скрипта.Скорее всего это вирус.Вывод еще покажи echo %path%.