если ссылки раскиданы по разным местам, нужно сделать правило мод реврайта, чтобы файлы с заданными расширениями к примеру /download/lol.rar автоматически реврайтился на /limit.php?file=/download/lol.rar, где limit.php - скрипт, выдающий файл с ограничением по скорости.