в bonus числа???? $ss - число??? Тогда можно, 100%

скорее всего просто это условие не срабатывает:

WHERE user_id ='".$_COOKIE['ref']

врядли ты в ref хранишь id Или оно там с пробелами, или еще чонить - в общем треба предварительная обработка всего + тщательная проверка условий + в конце запроса добавь

or die ("Фиг там" . mysql_error());

и сразу увидишь, правильные ли у тебя условия

Чтобы проверить рабочесть этого кода

$query=("UPDATE users SET bonus=bonus+'".$ss."' WHERE user_id ='".$_COOKIE['ref']."'") ;

вместо WHERE user_id ='".$_COOKIE['ref']."'"

вставь WHERE user_id =1"

т.е. просто явным образом укажи id того, кому бонус начисляешь, а дальше думай