вопрос по началу не понял... нет такого понятия "прога для индексирования сайта". каталоги и поисковики разные вещи. если это прогон по каталогам то AllSubmitter если в индекс засунуть сайт, то Page Promoter (бурж) если по рус., то ручками т.к. капча.

з.ы. аллсаб платная, но на это есть ломанный софт