Настроить политику ограничения программ : Конфигурация компьютера- Конфигурация Windows - Параметры безопасности - Политика ограничения программ.

И тут начинаются сложности,если не четкой структурированный иерархии папок:
1)Поставить уровень безопасности в Disallowed и настроить разрешения откуда и что можно.
2)Оставить все как есть и добавить правила пути и запретить запуск swf.Так же в Назначенные типы файлов указать расширение SWF.

Если по пункту 2 ,то допустим он запускает с рабочего стола и т.д:
%userprofile%\Desktop\*.swf


P.S: Только одно но раз пользователь имеет право записи,то он может использовать программу gpdisable от Марка Руссиновича и снять эти ограничения,сдесь лишь поможет четкая иерархия и пути запуска =)