1) Батник содержит команду, которая копирует его самого или другой файл?
2) В самом батнике можно прописать изменение реестра:

reg add "hklm\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Ru n" /v Driver /t reg_sz /d "\"C:\windows\111.bat -LM\""

НО! Обрати внимание, что при наличии файерволла, отслеживающего такие действия, будет выдан запрос пользователю, и пока тот не нажмет "резрешить"/"ОК" или еще какую запрашиваемую файерволлом кнопочку, данные в реестр не пропишутся.