Обфускатор *ROFL* :-D
Обфускатор поможет тебе тока для запутывания себя, а в машинных кодах оно как было так и останется.
Тебе нужен Полиморфный двиг, который будет дизасембленные команды приводить к альтеративному виду типа
add eax,2 заменять на 2 раза inc eax итд итп. Но таких прог(котоыре полиморфят исходник) на сколько я помню нет и врядли будет.

А если еще хочешь усложнить жить, то пусть код через собственную вирт машину гоняется.