помагает поменять расширение на pyw(вроде так, но не совсем для тебя так как программа продолжет выполнятся после закрытия) или подключить qt4 с пустым виджетом(не проверял, но должно получится)
Логин опередил =) (кстати не всегда пропадает консольое окно =((