1)Отключить explorer можно через реестр:
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon\Shell="explorer.exe" (оставить пустую строку)

2)Дальше пошел откровенный бред.
Службы оставить на месте,права к папкам ограничить на уровне NTFS и нечего тут выдумывать ,скрывать что-то.

3)Настраиваем Software Restriction Policy и добавляем по хэшу только те программы которые разрешены.