Не думаю, функция move_uploaded_file имеет 2 параметра, что и куда, она просто кладёт файл и всё.
Ничего 2 раза не делается. Хотя могу и ошибатсья, но на мой взгляд именно так.

Причём у меня на локалхосте никаких проблемм нету (Винда), либо это только на линуксе, либо ещё какая настройка.