1)как скрыть консольное окно, чтоб при запуске проги оно не появлялось

поменяй в PE-заголовке subsystem с Console на гуй

2)Дайте линку на ДОСТУПНУЮ статью по работе с файламиэ
CreateFile
CloseHandle...
для начала хватит

3)Как сделать автозапуск файла?
ну неужели не надоело вопрос задавать? варианты - прописаться в реестр в Run, в автозагрузку или сервисом заделаться с втозапуском.

__________________
Bedankt euch dafür bei euch selbst.

H_2(S^3/((z1, z2)~(exp(2pi*i/p)z1, exp(2pi*q*i/p)z2)))=Z/pZ