хм. Зачем массив, когда вы просто юзаете функцию FindFirstFile(NextFile), проверяете что файл не является директорией, потом расширение и запускаете (сразу в цикле поиска файлов, без каких-то дополнительных массивов). Нашли что надо - запустили, нашли - запустили, к чему массивы? )