Там где оптимизация идет по размеру, зачастую она идет и по скорости.
Оптимизация по опкодам - это я только привел примеры таких вариантов, а не все их. Хотябы для того, чтобы люди хоть знали что есть разница.
А на счет PE - тут уже вы переборщили. Как ни крути его, но PE он и остается PE.
В статье я только раскрыл те моменты, которые люди могут сами(без особых проблем) реализовать. Если дело на то пошло, то можно и самому собираться MZ и PE заголовок. И оставить только одну таблицу для единственной секции, сразу за которой пойдет код этой секции. Но собирать всё вручную - это геморно, и уже выходит за рамки данной статьи.