ERROR 1045 (28000): Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: YES)

Вот решение:

1) запустить сервер с опцией --skip-grant-table. Можно просто в .ini файл дописать
строку skip-grant-table

2) выполнить следующие SQL предложения:
# mysql -u root mysql
mysql> UPDATE user SET Password=PASSWORD('your_new_password') where USER='root';
mysql> FLUSH PRIVILEGES;

3) удалить строку skip-grant-tables из ini файла и запустить сервер.

Теперь можно подключиться с новым паролем:

# mysql -u root -p
Enter password: your_new_password