НА счет защиты скажу одно, если линь висит всё упрощает ситуацию.А так , только вешать фаервол, в конфигах прописывать акцесс на праймари рулс и туда всё черные айпишнеги.Ещё можно ,это уже видел со стороны как делали , фаервол научить анализировать трафик, и при критических ситуациях резать пакеты на определенный срок.

Интересно , а как защищаться от ддосов направленных на процессорное время . Например , всем не без известный дос модуль шторм.Там создается несколько тысяч коннектов TCP/IP, и шлется всякий мусор. Вот вам и нагрузка . Тут получается , при 4000 зомбей ,начинают таким образом атаковать , то нагрузка (если учесть что виндовс может создавать 2000 TCP/ip соеденений , а линукс до 7 тысяч)...Вот и посчитаете какая это нагрузка, и всё это процессорное время затраченное на обработку каждого коннекта.Что делать в таких случаях??? =)