да похоже проблемы не с portage,а с файловой системой
Тебе нужно:
Жмёшь Alt+Ctrl+F1 и попадаешь в консоль без Х-ов, далее:
# /etc/init.d/xdm stop
# (umount /dev/sda5 && /sbin/fsck.ext3 /dev/sda5) || echo 'Error!'
Если выведется Error то выложи фотку экрана. Эта каманда размантирует твой /home и проверит на ошибки. По ходу выполнения поиска ошибок fsck задаёт вопросы. Будь внимательней а то мож удалить не то !
# mount /home && /etc/init.d/xdm start
Потом напишешь че как.