Вроде понял.
Бага похоже заключается в том, что scandir, не смотря на сейфмод возвращает все содержимое диры. А функции по типу is_dir, is_file, file_size и т.д. не могу получить инфу о файле из-за сейфмода. Т.е. ты с этими файлами ничего сделать не сможешь.
Возможно такой результат scandir - это бага сеймода той версии пхп (5.0.5).

__________________
включи голову