.htaccess ограничивающий запуск php-скриптов может быть и выше, вообще в самом-самом корне, если нет .htaccess папкой ниже с пересекающимися функциями однотипными - то все распространяется на вложенные подпапки.

Ну или php вообще не установлен никак, допустим юзают только perl