почитай про
Hierarchical Model-View-Controller (HMVC)
и
Model-View-Controller (MVC)
поняв их устройство сразу всё будет быстро и удобно)
Думаю это сложно будет для начинающего - понять это.
Как разрабатыват двиг сайта?
1. Сформулировать в голове примерную структуру сайта ( страницы, формы, итд)
[ 2 ] . необязательный пунки. Взять бумагу и нарисовать 'карту сайта, включая админку и системные файлы'
3. Принято создавать соединение с БД в отдельном файле, например db_connect.php и инклудить его в каждый скрипт. Так же должна юыть папка include где будут располагатся файлы которые подключаются. Главный скрипт - например Main.php - это просто шапка и подвал а середина инклудится, напрмимер страница нвостей будет иметь адрес main.php?page=news а маин пхп просто приинклудит News.php. МОжно подругму, есть масса способов, придумай свой если тебене нравятся существующие -посмори как организованы другие сайты.
4. Начмнать лучше с пользовательской стороны. НАпирмер, неа сайте палнируется регистрация юзеров. ты делаешь registration.php + создаешь в БД необходимые таблицы + сразу делаешь модуль управления юзерами в админке. Потом ты придумал что на сайте будут новости. Делаешь News.php + таблицы в БД + опять же модуль управления новстями в админке. и так далее.
5.
Идешь в тему тестирования сайтов на этом форуме и постишь свой линк, его тестят на безопасность
опять же это необязательный пункт
Удачи!