малик ты сам небось написал когда-то ГАВНО-КОД и понял что на что-то большее не способен..
ТС имхо просто хочет правельно, так сказать проф. подойти к проектированию, тоесть чтобы ему обьяснили как правельно делать... есть паттерны проектирования, как сказали выше изучай паттерн MVC. Чтобы понимать и делать правельно, нужно читать правельные книги, а не php за 10 минут и тд... вот тебе две для начала, и конечно же гугль
http://www.ozon.ru/context/detail/id/2847621/
http://www.ozon.ru/context/detail/id/2527057/