Конечно на все, что изменял. А владелец - я писал в диры, владельцем которых является апач и файлы там апачевые.. поэтому подозрений никаких не должно быть...

Вот насчет слепка системы и сканирования - может быть.. Но это сервак большой довольно таки.. так часто сканирование что-ли проводится там?