Ну надо по умному ) чтобы правильно файл искало ) недавича мучался с FAT12
время будет может сделаю хотя вот тут есть готовые примеры

FAT 12, поиск файла

еще помню есть PDF на статью в журнале системный администратор там под UNIX описаны примеры на Си чтения, записи, удаления во всх FAT (12,16,32) сцылку чет не нашел...