Куда-куда, в корень

а далше курить вот это,

http://us3.php.net/manual/en/book.ftp.php

с помощью этих команд можно сделать что угодно, например загрузить скрипт, узнающий список дир, сохраняющий это дело в файл и скачать такой файлик обратно к себе

скрипт, закачанный в корень, можно запустить с помощью ftp_site