причин может быть масса, от описанных выше, до днсов, плохого канала и т.п.
в первую очередь, я бы проверил DNS, нормально ли резолвится всё?
далее трейсом проверить где пакеты теряются
арп таблицу тоже помониторить хорошо бы.
Какое оборудование стоит в вашей сетке? управляемое, неуправляемое?