Копировать с помощью метода copy:
wmic path win32_directory.name="C:\\Users" call copy "D:\\1"
C:\\Users - папка для копирования
D:\\1 - путь куда копируем

Список файлов в директории получить с помощью скрипта:
http://www.microsoft.com/technet/scriptcenter/resources/qanda/feb05/hey0218.mspx

запускать можно cscript listfiles.vbs


Еще как вариант получить список файлов из заданной директории,без поддерикторий:
wmic datafile where "path='\\Windows\\'" get name