При копировании с EFS на ФС, не поддерживающую EFS шифрование теряется (можно самому за минуту проверить это).
А вообще не понятна сама задача.
Если надо супер безопасность: отключи все внешние носители и интернет и используй IPSEC и шифрование файлов на сервере.
У меня лично сделано на сервере luksfs (шифрованая ФС) на которой лежат данные и через ssh -X -C username@server program запускаю проги с этого же сервера. Не слишком хороший вариант, но на скорую руку получаю шифрование ssh с неким подобием терминал сервера и шифрование данных на всех уровнях (ФС и сеть). Самое уязвимое место наверное остаётся сам сервер.
С помощью RDP (поверх SSL)+EFS я думаю можно получить нечто подобное.