1. точно не зря, в жизни может пригодиться
2. одинаковы, только пути в одном пишутся виндовые, в другом никсовые
3 можно поискать в инете инфу, как службу запускать от любого пользователя (на счет группы администраторов не знаю), такая возможность есть 100%, можно покопать в направлении утилиты sc.
4. ИМХО предпочитаю подгружать модулем, т.к. меньший расход ресурсов. Когда пускается как cgi - создаётся новый процесс для выполнениея php скрипта, т.е. фактически запускается php{.exe}, а когда модулем, интерпретатор php всегда загружен и создаётся только поток (или нить) для скриптов. Но возможно у cgi есть свои плюсы.