Логично, что надо где-то хранить данные о том, докуда он доспамил) А дальше - куча мест - mysql, файл и тд. В кукисах хранить не стоит, ибо если скрипт будет пахать на серваке днями и ночами, то не ходить каждый раз к нему же) - лучше в файл писать статус...

например так

for($i=0; $i<999999; $i++){
spam();

$fp = fopen('log', 'w+');
fwrite($fp, $i);
fclose($fp);
}

Можно даже сделать, чтоб не каждый шаг цикла записывалось, а каждые 250 или каждую 1000 раз, чтоб не перенагружать серв))

А второй скрипт написать, типа админку, которая будет мониторить статус лог файла- и выводить тебе инфу - на какой стадии скрипт щас. Прикрутить кнопку стоп еще можнно, при желании....

Лично я так делаю..