что касается FreeBSD и его файрвола (по умолчанию ipfw), можешь посмотреть в /etc/rc.conf на предмет firewall_enable="YES"
в этом же конфиге будет указано где находится скрипт с правилами

Что касается linux систем, то такие скрипты правил находятся: /etc/init.d/
rc.firewall, rc.fw и т.п.

с вторым вопросом.. не сталкивался, нужно смотреть.
по последнему вопросу.. не совсем понял, что имеется ввиду.