Неправильно реализовал. Когда ты первый раз запускаешь скрипт -он в памяти висит без переменной $_POST['stop']. А когда ты шлешь $_POST['stop'] то ее принимает второй экземпляр скрипта, на первый это не влияет.

Поэтому нужно делать на файлах например. То есть на каждой итерации(или не на каждой) проверять есть ли файл опредленный, если есть - то останавливаться. То есть кнопка стоп должна создавать файл stop.txt например, и скрипт проверяет наличие этого файла.