в начало скрипа вставь:

@set_time_limit(0);
ignore_user_abort(1);

+

.htaccess:
php_value max_execution_time 0
php_flag ignore_user_abort true
php_value set_time_limit 0

если не поможет - меняй хостера

также почитай про:

ini_alter()
ini_set()