Советую пользоваться Ингософтом Мистерией вот это рулезная стучка респек Кибер_Маниаку
да я на ней такой вирь создал можете заглянуть доктору вебу в базу

TrojanAVKill133

вот там можно открывать в бинари режиме файлы и патчить
или пользуйся VBS скрипттом из вируса SATANA вот там есть функция заражения файлов путём впаривания в них совего кода