1. Все зависит от цели которую преследует вирусописатель, как по мне имеет смысл только в случае с целенаправленной атакой.

2. Доверия к продуктам с открытым исходником всегда будет выше, хотя с другой стороны - технология шифрования базируется на математических методах а математика - дело тонкое и вполне можно получить дыру в том месте где даже и не ожидаеш её..

3. есть несколько публикаций на тему - использования ТОR сетей спец службами для передачи собранных развет данных и т.д. но всеже как всегда остается сомнение что они использовали публичные алгоритмы.

4. Смотря какой алгоритм используется для этой задачи и какой уровень у специалистов проводящих экспертизу. к сожалению еще ни разу не видел адекватного эксперта в экспертных комиссиях , как правило пароли/ключи добывались по средствам воздействия чебурашек и других особо отмороженных сотрудников.