все просто.
есть файл: test.pl
нужно поставить ему права выполнения следующим образом:
chmod +x test.pl
теперь можно запускать скрипт: ./test.pl
можно запустить так: perl test.pl

p.s. внимательно смотрите на первую строчку скрипта (#!/usr/bin/perl) чтоб путь был правильным к вашему интерпритатору

Удачи!