так как PHP скрипт выполняется с правами веб-сервера, то изменять с помощью шелла можно:
а) файлы, у которых владелец веб сервер, для владельца разрешена запись
(- rw- --- --- apache apache index.php)
б) файлы, у которых группа-владелец - это группа веб-сервера, для группы разрешена запись(- rw- rw- --- root apache index.php)
в) файлы, у которых есть права записи для всех
(- rw- rw- rw- root root index.php)

права на запись по отношению к директории обозначает возможность добавить туда файл.
есть еще пара нюансов конечно