Вход напрямую rootом в дебиане разрешен и очень мало кто это убирает.
Попробуй подключись по ssh, вряд ли там есть иксы(и не надо их ставить, они тяжелые, легко заметить)
Если ssh не доступен - смотри что в iptables.
iptables - F - очистить все правила.
apt-get install ssh : установить sshd.
По сути управление машиной у тебя есть, в чем проблема то?