Наверняка юзаем оутпост?
Да, такие проблеммы и у меня были. с Оутпостом, там пришлось выключать веб контроль.
Если другой файрвол делает нечто подобное, то ковырять надо его. В любом случае сам по себе прокси ничего резать не может, флеш и ява выполняются на стороне клиента