Какие относительные.Ты не понял.
Есть файл а.Пхп
систем(./дир/б.Пхп)

б.Пхп находится в папке дир
фопен д.Тхт ...
Файл создается не в директории дир а втой в которой а.Пхп! Поидее если файл б.Пхп в папке дир,то он должен там и создать файл.