Не совсем понял, что тебе нужно.

>необходимо вставить не большой java-скрипт в строку адреса и "перейти" по нему...
header('location: '.$variable);

>а то, что отобразится на экране после всего этого - необходимо записать в файл...
В файл на сервере? Можно вручную выводить в файл и на stdout (юзеру). Либо читай про функцию ob_start()
Насколько я помню, JS не поддерживает работу с ФС пользователя