Файлы конфигурации служб IIS7.0 по умолчанию расположены в папке Windows\System32\Inetsrv.

* Applicationhost.config
* Global web.config
* Machine.config
* Site web.config
* App web.config

в IIS6 таких файлов нет, преполагаю что настройки в реестре =(