Вариантов несколько:

Долго грузиться:

1. По причине того что не сохряняються настройки и их приходиться постоянно создавать по дефолту

2. Вирус

3. Антивирус

4. Система захламлена различными авторанами.

Не сохраняет нвстройки и временные файлы (кстати какие именно не сохраняет - ты не уточнил)

1. Глюк НТФС с последующим слетом прав на каталоги

2. Слёт прав доступа на ветки реестра

3. Кто-то поигрался с груповыми политиками.


А вообще еще долго можно продолжать. Кстати, сколько уже винде?