Сделай в базе еще одну калонку.
При регистрации генерируй код и заноси его туда.
На почту высылай ссылку например : site.ru/index.php?do=actemail&code=уникальный код

При переходе по ссылке удаляй из столбца код. и пиши,что активировано.


А при заходе в аккаунт проверяй если в поле кода не пусто,то говори что мыло не активированно.