А сам микрофон работает? Проверить можно в звукозаписи, например.
Вот, нашёл на офф форуме убунту
1. В настройках Скайпа где Sound Device везде выставить HDA Intel (hw:intel,0)
2. Система-Параметры-Звук везде выставить Pulse Sound Audio Server, за исключением Каналы микшера по умолчанию. Там HDA Intel (Alsa mixer)
3. Открыть регулятор громкости. Правка-Параметры, и поставить галочки на Микрофон, Mic Boost, Захват и Захват-1
4. Разлогиниться или ребут (кому как нравится)
5. Вновь открыть регулятор громкости, там появится вкладка Запись. Надо включить устройства, и ползунки вверх.
6. Микрофон включить, и примерно на 95%, Mic Boost включить где-то на 60%.