Бегло просмотрев твой код нашел море недочетов )
1) переполнение буфера.
2) один или два лишних циклов.
3) вместо массива строк в стеке (из-за которого кстати и переполнение в ф-ции file()) лучше юзать вектор или иной контейнер.
4) зачем реализацию выносить в хэдэр, они не для этого созданы.
5) от глобальных переменных можно тоже отказаться.
6) ну можно было хоть как нибудь сделать опционально выбирать файлы ))

п.с. возможно что то еще не доглядел ))